锡盟水利局下设二级单位7个，即：盟水利勘测设计队；盟水土保持工作站；水产管理站为全额拨款事业单位；乌拉盖水库管理局（大型水库）；水政监察支队；勘探钻井队为差额拨款事业单位；水修厂为自收自支事业单位。

旗县市区水利机构设置：全盟13个旗县市区中多伦县、太仆寺旗、正兰旗、正镶白旗、西乌珠穆沁旗，镶黄旗、苏尼特右旗、苏尼特左旗、阿巴嘎旗、锡林浩特市、东乌珠穆沁旗设为水利局、二连浩特市、乌拉盖开发区设置为水务局，实现水务一体化管理。